Havuz dezenfeksiyonu, havuz bakım ve temizliği için oldukça önemlidir. Havuz suyu içinde oluşan bakterilerden arınması için düzenli olarak dezenfeksiyon işlemlerinin yapılması gerekmektedir. Özellikle otel havuzları, olimpiyat havuzları, site vb. toplu yaşam alanlarında olan havuzlar, eğlence havuzları, termal havuzlar gibi yoğun kullanımın olduğu ortak kullanım havuzlarında dezenfeksiyon işlemleri hayati öneme sahiptir. Bu nedenle düzenli olarak gerek kimyasallara gerekse filtreleme sistemleriyle temizlenmesi gerekmektedir. Havuz temizlik ve bakımı için kullanılan tüm havuz kimyasalları havuz dezenfeksiyon sistemleri içerisine girmektedir. Bunun yanı sıra havuz filtreleme sistemi, havuz su pompaları dezenfeksiyon sistemleri arasında yer almaktadır.